小琉球海洋館位在漁福村三民路上，2019/09/28開始營運，是小琉球少數的室內景點，想暫時躲過毒辣辣的太陽，或遇下雨，就帶小朋友來裡面吹冷氣、看海洋生物。且園區2021年新增可愛動物區，可互動餵食，戶外有溜滑梯可以玩。

海洋館建物外牆繪上整面的3D海洋世界，大大的鯨魚好吸睛，戶外有一片戲沙池與溜滑梯遊戲組。進入園區內首先看到可愛動物區，這裡養了羊駝、水豚君、羊咩咩、馬、柯爾鴨、象龜、麝香豬、狐獴、兔子等動物，可買飼料餵牠們，還有金剛鸚鵡、老鷹等鳥禽動物。

室內水族館分為海洋生物區、珊瑚展示區、貝殼展示區等，最吸引小朋友的就是海洋生物區，少見的海中生物，可以讓小朋友看上一陣子，另外還有觸摸體驗池，可以摸摸海星哦。